有权对罪犯在监狱内犯罪的案件进行侦查的机关为（）。

本题考查管辖、暂予监外执行程序、减刑程序。A选项考查立案管辖，根据《刑事诉讼法》第19条第2款的规定，人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。故监狱无权侦查，A选项错误。B选项考查监狱内犯罪与发现漏罪的立案管辖。根据《刑事诉讼法》308条第3款规定：“对罪犯在监狱内犯罪的案件由监狱进行侦查。”第273条第1款规定：“罪犯在服刑期间又犯罪的，或者发现了判决的时候所没有发现的罪行，由执行机关移送人民检察院处理。”据此，B项所列情形非由监狱进行侦查，所以B选项错误。C选项考查暂予监外执行的程序。根据《刑事诉讼法》第265条第5款的规定：“在交付执行前，暂予监外执行由交付执行的人民法院决定；在交付执行后，暂予监外执行由监狱或者看守所提出书面意见，报省级以上监狱管理机关或者设区的市一级以上公安机关批准。”据此，该命题过于绝对，实际上存在两种情况：如果被判处有期徒刑且剩余刑期在3个月以上，暂予监外执行由监狱提出书面意见，报省级以上监狱管理机关批准；如果被判处有期徒刑且剩余刑期在3个月以下，暂予监外执行由看守所提出，设区的市一级以上公安机关批准。故C错误。D选项考查减刑程序。根据《刑事诉讼法》第273条第2款规定：“被判处管制、拘役、有期徒刑或者无期徒刑的罪犯，在执行期间确有悔改或者立功表现，应当依法予以减刑、假释的时候，由执行机关提出建议书，报请人民法院审核裁定，并将建议书副本抄送人民检察院。人民检察院可以向人民法院提出书面意见。”故D正确。本题选D。

选项A.B错误，按照《刑事诉讼法》第十八条第二款规定，贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪，由人民检察院立案侦查。对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。同时，《刑事诉讼法》第二百九十条规定，对罪犯在监狱内犯罪的案件由监狱进行侦查。该法第二百六十二条第一款规定，罪犯在服刑期间又犯罪的，或者发现了判决的时候所没有发现的罪行，由执行机关移送人民检察院处理。据此可知，选项AB的情形均不属于监狱侦查。
选项C错误，《刑事诉讼法》第二百五十四条第五款规定，在交付执行前，暂予监外执行由交付执行的人民法院决定；在交付执行后，暂予监外执行由监狱或者看守所提出书面意见，报省级以上监狱管理机关或者设区的市一级以上公安机关批准。据此，“暂予监外执行均应当由监狱提出书面意见”的说法错误。
选项D正确，《刑事诉讼法》第二百六十二条第二款规定，被判处管制、拘役、有期徒刑或者无期徒刑的罪犯，在执行期间确有悔改或者立功表现，应当依法予以减刑、假释的时候，由执行机关提出建议书，报请人民法院审核裁定，并将建议书副本抄送人民检察院。人民检察院可以向人民法院提出书面意见。