孤本

A项正确。古籍整理专指对中国古代书籍进行审定、校勘、注释等加工整理工作，使新出版本便于现代人阅读。
B项错误。经过整理和编辑加工的古籍，有两种形式：排印本和影印本。排印本：分标点本、点校本、笺校本、新注本、选注本等；今译和索引也属于排印本。影印本：分线装和平、精装两种形式。
C项正确。最早出现善本概念是宋代，是指版刻书籍的精品。 善就是好的意思，“善本”的原始内涵指那些版刻古籍中的校刊好、装帧好，时代久、流传少，具有学术价值和历史价值的书籍。孤本，指某书刊仅有一份在世间流传的版本。亦指仅存的一份未刊手稿或原物已亡佚，仅存的一份拓本。所以，孤本是保存好的，属于善本，但是善本不一定是孤本。
D项正确，《永乐大典》和《四库全书》都是中国古代总结性的古籍经典。

第一步，确定题干逻辑关系。
“孤本”是指某书刊仅有一份在世间流传的版本，亦指仅存的一份未刊手稿或原物已亡佚，仅存的一份拓本。“孤本”属于“书籍”的一种，二者属于包容关系中的种属关系。
第二步，辨析选项。
A项：“正方形”是“长方形”的一种，二者属于包容关系中的种属关系，与题干逻辑关系一致，符合；
B项：“蔬菜”可以在“土地”上种植，二者属于对应关系，排除；
C项：“显微镜”一般在“实验室”较为常见，二者属于对应关系，排除；
D项：有的“礼物”是“商品”，有的“商品”可以作为“礼物”，二者属于交叉关系，排除。