国务院卫生行政部门制定的部门规章，其法律效力高于地方人大制定的地方性法规。

我国国务院有权制定行政法规。

A、B、D
考点：立法法、立法监督
讲解：A项错误。因为《立法法》第88条第4项规定，全国人民代表大会常务委员会有权撤销同宪法和法律相抵触的行政法规，有权撤销同宪法、法律和行政法规相抵触的地方性法规，有权撤销省、自治区、直辖市的人民代表大会常务委员会批准的违背宪法和立法第66条第2款规定的自治条例和单行条例。据此可知，全国人大常委会有权撤销重庆市人大制定的地方性法规及其批准的自治条例。
B项错误。因为《立法法》第88条第3项规定，国务院有权改变或者撤销不适当的部门规章和地方政府规章。据此可知，国务院只被授予了规章的改变权力或撤销权力，没有被授予地方性法规的撤销权力。
C项正确。根据《立法法》第63条第4款，“本法所称较大的市是指省、自治区的人民政府所在地的市，经济特区所在地的市和经国务院批准的较大的市”，可知深圳市属于较大的市，那么根据《立法法》第63条第3款，“较大的市的人民代表大会及其常务委员会根据本市的具体情况和实际需要，在不同宪法、法律、行政法规和本省、自治区的地方性法规相抵触的前提下，可以制定地方性法规，报省、自治区的人民代表大会常务委员会批准后施行。”《立法法》第88条第4项规定，省、自治区、直辖市的人民代表大会有权改变或者撤销它的常务委员会制定和批准的不适当的地方性法规。因此，广东省人大有权撤销深圳市制定的违反行政法规的地方性法规。与此同时，《立法法》第88条第7项规定，授权机关有权撤销被授权机关制定的超越授权范围或者违背授权目的的法规，必要时可以撤销授权。故撤销违背授权目的的法规的主体只能是授权主体，据此可知广东省人大无权撤销深圳市制定的违背授权目的的经济特区法规。
D项错误。根据前述《立法法》第63条第3款，青岛市是较大的市，其人大无权直接撤销本市人大常委会制定并实施的违反法律规定的地方性法规，只能由山东省人大来撤销。