参考答案和解析
正确答案：
这个问的情况比较特殊，通常情况下合同内容与招标文件不一致的，是得不到政府部门备案的，招标人和投标人应该签订与招标文件实质内容一致的合同，然后将该合同到有关行政主管部门备案。如果是招标人通过不正当的手段或政府有关主管部门的疏忽使得与招标文件不一致的合同通过了备案，这种情况下要回答这个问题，必须先搞清下列两个问题。
第一，与招标文件内容不一致的建设工程合同是否有效。
招标人和投标人应该签订与招标文件实质内容一致的合同，我国《招标投标法》第四十六条第一款规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”《招标投标法》第五十九条进一步规定：“招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，责令改正；可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。”同时《司法解释》第二十一条进规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质
性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”《司法解释》第二十一条所规定的“备案的中标合同”就是指与招标文件内容一致的合同，即通常说的白合同。从《招标投标法》和《司法解释》的规定来看，与招标文件内容不一致的建设工程施工合同并不是无效，但是，如果存在两份合同的情况下，在工程结算时应该以备案的中标合同为依据，而备案中标合同在内容上是与招投标文件的内容一致的，因此，本质上是要以招投标文件的规定作为结算的依据，而影响结算的内容就是《司法解释》第二十一条所说的“实质性内容”（通说认为包括工期、质量、价款），此时违背招投标文件实质性内容条款实际上是不生效的，所以，我认为与招标文件内容不一致的合同虽然不是全部无效，但是其中违背招投标文件实质性内容的条款在没有改正之前就不发生效力，如果拒绝改正，那么这些违背招投标文件实质性内容的条款应该是无效的。另外，备案合同中有关非实质性内容的部分，应该视为当事人双方对招标、投标文件的变更，相当于合同的变更，只要这种变更不违反法律、法规的强制性规定，那么这种变更应该是有效的。
第二，备案对建设工程施工合同效力的影响。
我在前面的问题中已经分析过，备案并不是建设工程施工合同生效的要件，只是国家行政机构对建设工程建设的一种监督，因此，备案不会对合同的效力产生影响，没有备案的建设工程施工合同不会无效，无效的建设工程施工合同也不会因为通过了备案就会变为有效，有效的建设工程施工合同也不会因为备了案提高了效力等级，备了案的建设工程施工合同的效力也不一定高于没有经过备案的建设工程施工合同。
综上，实质性内容条款的效力应该是招标文件的规定比问题中所述的备了案的合同的规定效力高，非实质性内容部分的条款的效力应该是问题中所述的备了案的合同比招标文件的效力高。关于预付款的规定应该属于《司法解释》第二十一条所界定的“实质性内容”，因此招标文件中关于预付款的规定应该是有效的。
解析：
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