基本农田的保护措施包括（）。

根据《基本农田保护条例》
第十六条经国务院批准占用基本农田的，当地人民政府应当按照国务院的批准文件修改士地利用总体规划，并补充划入数量和质量相当的基本农田。占用单位应当按照占多少、垦多少的原则，
负责开垦与所占基本农田的数量与质量相当的耕地:没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，
应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。占用基本农田的单位应当按照县级以上地方人民政府的要求，将所占用基本农田耕作层的土壤用于新开垦耕地、劣质地或者其他耕地的土壤改良。
第十七条禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、来石、采矿、取
土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
第十八条禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田。经国务院批准的重点建设项目占用基本农田的，满1 年不使用而又可以耕种并收获的，应当由原耕种该幅基本农囚的集体或者个人恢复耕种，也可以由用地单位组织耕种; 1 年以上未动工建设的，应当按照省、自怡区、直辖市的规定缴纳闲置费:连续2 年未使用的，经国务院批准，由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权:该幅土地原为农民集体所有的，应当交由原农村集体经济组织恢复耕种，重新划入基本农田保护区。
承包经营基本农田的单位或者个人连续2 年弃耕抛荒的，原发包单位应当终止承包合同，收回发包的基本农田。
详见教材P168 。

选项B占用基本农田的单位应当按照占多少、垦多少的原则，负责开垦与所占基本农田的数量与质量相当的耕地。选项E禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。

《基本农田保护条例》第十七条规定，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田活动。禁止
　　任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。而第二十五条规定：向基本农田保护区提供肥料和作为肥料的城市垃圾、污泥的，应当符合国家有关标准。可见选项B并不是禁止，而是有一定的限制条件。故答案为D。