首先在取经故事中由孙行者取代玄奘的典籍是（）。

本题考查中国史。
A项，玄奘从长安出发，经兰州，到凉州（今武威）及敦煌，到达伊吾（今新疆哈密）。他通过丝绸之路的传统北道行进，终於到达印度，回国后应唐太宗的要求，写下了《大唐西域记》，是记录当时西域和丝绸之路的珍贵典籍。故玄奘西天取经与丝绸之路相关，排除。
B项，班超投笔从戎，随窦固出击北匈奴，又奉命出使西域，在三十一年的时间里，平定了西域五十多个国家，为西域回归、促进民族融合，做出了巨大贡献。故班超投笔从戎与丝绸之路相关，排除。
C项，文成公主出嫁之时所走的唐蕃古道，是唐朝时期长安到吐蕃的交通道路，被学术界定义为“丝绸南路”，故文成公主远嫁吐蕃与丝绸之路相关，排除。
D项，戚继光抗倭是指在明朝的时候，民族英雄戚继光抗击日本海盗骚扰斗争的故事，与丝绸之路无关，当选。
故本题正确答案为D。