(1)大批游客擅自闯入博格达峰进行旅游、探险 (2)人们所到之处全是垃圾和粪便 (3)博格达

分别将选项代入题干，确定逻辑关系。
A项：“伊犁河”与“天山”都是自然景观，二者属于并列关系，“湖泊”与“阿尔泰山”无明显逻辑关系，前后逻辑关系不一致，排除；
B项：“博格达峰”是“天山”的主峰，二者属于包容关系中的组成关系，“博湖”是县，因境内有全国最大的内陆淡水湖——博斯腾湖而得名，而不是“湖泊”，二者无明显逻辑关系，前后逻辑关系不一致，排除；
C项：“天山”是“山脉”，二者属于包容关系中的种属关系，“赛里木湖”是“湖泊”，二者属于包容关系中的种属关系，前后逻辑关系一致，符合；
D项：“昆仑山”与“天山”都是自然景观，二者属于并列关系，“湖泊”与“河流”都是水域，二者属于并列关系，但是前两者都是具体事物，而后两者都是一类事物，前后逻辑关系不一致，排除。