根据《中华人民共和国宪法》的规定，有权决定在我国境内设立特别行政区及其制度的国家机关是什么？

《宪法》第六十二条和第六十三条对此作了明确规定，B、C、D项均在其列，所以都是正确的。《宪法》第八十九条规定的我国国务院行使的职权中，第(十五)项规定，批准省、自治区、直辖市的区域划分，批准自治州、县、自治县、市的建置和区域划分。所以，A项是国务院的职权范围。故选BCD。

《宪法》第62条和第63条对此作了明确规定，BCD项均在其列，所以都是正确的。《宪法》第89条规定的我国国务院行使的职权中，第(15)项规定“批准省、自治区、直辖市的区域划分，批准自治州、县、自治县、市的建置和区域划分”，所以，A项是国务院的职权范围，全国人民代表大会无权决定或者批准，是应选项。关于全国人民代表大会、全国人大常委会和国务院在职权范围上的区分要详细掌握。
《全国人民代表大会组织法》第16条规定：“在全国人民代表大会会议期间，一个代表团或者三十名以上的代表，可以书面提出对国务院和国务院各部、各委员会的质询案。”因此选项中正确的是AB

《宪法》第73条明确规定国务院及其部委是全国人民代表大会常务委员会的质询对象，所以AD两项正确。《全国人民代表大会常务委员会议事规则》第25条规定最高人民法院和最高人民检察院也是其质询的对象，C项正确。
《全国人民代表大会组织法》第33条规定，在常务委员会会议期间，常务委员会组成人员10人以上可以向常务委员会书面提出对国务院和国务院各部、各委员会的质询案。《全国人民代表大会常务委员会议事规则》第25条规定，在常务委员会会议期间，常务委员会组成人员10人以上联名，可以向常务委员会书面提出对国务院及国务院各部、各委员会和最高人民法院、最高人民检察院的质询案。因此ABD正确。
根据《立法法》第91条第1款的规定，全国人大专门委员会在审查中认为行政法规、地方性法规等同宪法和法律相抵触时，可以向制定机关提出书面审查意见，故选项D是正确的；另外，根据《全国人民代表大会组织法》第35条第1款的规定，各专门委员会在全国人民代表大会开会期间受全国人大的领导，全国人大闭会期间受全国人大常委会领导，故A项正确。根据该条第3款规定，各专门委员会的主任委员、副主任委员和委员的人选，在大会期间应该由主席团在代表中提名，故B项错。根据该法第37条第3款的规定，法律委员会统一审议向全国人大或者人大常委会提出的法律草案，故C项是正确的。
《宪法》第60条规定：全国人民代表大会每届任期5年。全国人民代表大会任期届满的两个月以前，全国人民代表大会常务委员会必须完成下届全国人民代表大会的选举。选项A错误。《宪法》第61条规定，有权提议召开临时会议的主体是全国人民代表大会常务委员会和1/5以上的全国人民代表大会代表。故选项B错误。《全国人民代表大会组织法》第5条规定：“全国人民代表大会每次会议举行预备会议，选举本次会议的主席团和秘书长，通过本次会议的议程和其他准备事项的决定。”故C不选。根据《宪法》第65条第3款的规定，中央军委会主席由全国人大选举产生，而中央军委会副主席由军委会主席“提名”，由全国人大“决定”产生，而不是全国人大直接选举产生，两者有所区别。国务院总理是由中华人民共和国主席提名，全国人大决定产生，而不是全国人大直接选举产生，“决定产生”与“选举产生”存在不同；副总理由全国人大根据国务院总理的提名，决定人选的产生。故选项D不正确。