食物蛋白质的人体消化系统中主要的消化部位是小肠。

蛋白质的主要消化部位是胃和小肠。

第一步，本题考查小肠的功能。第二步，小肠是消化食物和吸收营养物质的主要场所，这是与小肠的结构特点相适应的：小肠长约5～6m，小肠内具有肠液、胰液和胆汁等多种消化液；小肠内壁有环形皱襞，皱襞上有小肠绒毛，增大了消化和吸收的面积；小肠绒毛内有毛细血管和毛细淋巴管，绒毛壁、毛细血管壁、毛细淋巴管壁都是由一层上皮细胞构成的，有利于营养物质被吸收。因此，选择B选项。A项：小肠不是人体废物排泄的主要器官，人体废物排泄的主要器官为肾脏。C项：小肠不是人体食物储存的主要器官，人体食物储存的主要器官是胃。D项：小肠是人体营养物质消化和吸收的主要场所，所以小肠的长度影响人体营养的吸收。人体的营养不良症与小肠的长短有关。

胆汁中不含有消化酶，故错误的是D项。答案选D。

小肠既是主要的消化器官，又是主要的吸收器官。食物经过在小肠内的消化作用，已被分解成可被吸收的小分子物质，再通过小肠绒毛进行营养物质的吸收。

第一步，本题考查小肠的功能。第二步，小肠是消化食物和吸收营养物质的主要场所，这是与小肠的结构特点相适应的：小肠长约5～6 m，小肠内具有肠液、胰液和胆汁等多种消化液；小肠内壁有环形皱襞，皱襞上有小肠绒毛，增大了消化和吸收的面积；小肠绒毛内有毛细血管和毛细淋巴管，绒毛壁、毛细血管壁、毛细淋巴管壁都是由一层上皮细胞构成的，有利于营养物质被吸收。因此，选择B选项。A项：小肠不是人体废物排泄的主要器官，人体废物排泄的主要器官为肾脏。C项：小肠不是人体食物储存的主要器官，人体食物储存的主要器官是胃。D项：小肠是人体营养物质消化和吸收的主要场所，所以小肠的长度影响人体营养的吸收。小明的营养不良症正是由于小肠被切除而导致的。因此，小明的营养不良症与小肠的长度有关。

第一步，本题考查人体消化系统和消化过程。第二步，A选项：小肠长约5～6m，小肠内具有肠液、胰液和胆汁等多种消化液，小肠是消化食物和吸收营养物质的主要场所。B选项：消化过程包括机械性消化和化学性消化,前者指通过消化管壁肌肉的收缩和舒张把大块食物磨碎；后者利用各种消化酶将分子结构复杂的食物水解为分子结构简单的营养素。C选项：消化系统分为消化管和消化腺两大部分。消化管包括口腔、咽、食管、胃、小肠、大肠和肛门等各段；消化腺则有唾液腺、胃腺、小肠腺、胰腺和肝脏等。D选项：消化系统的主要功能是消化食物、吸收营养素和排出食物残渣。因此，选择ABCD。